Científicos descifran código genético de la papa

Fuente: http://www.upch.edu.pe/
Grupo Internacional de científicos que incluye a la Universidad Peruana Cayetano Heredia, el Instituto Nacional de Innovación Agraria y la Universidad Nacional San Cristóbal de Huamanga da a conocer el primer borrador de la secuencia del genoma de la papa.
El Consorcio de Secuenciamiento del Genoma de la Papa (PGSC), que comenzó a trabajar en el importante proyecto hace tres años, es liderada en nuestro país por laUniversidad Peruana Cayetano Heredia (UPCH) a través de su Unidad de Genómica que también coordina el consorcio latinoamericano.
La decodificación de la secuencia completa del genoma de esta planta, permitirá entender cómo funciona la papa y podría revolucionar tanto los programas de mejoramiento genético como la manera de explorar y usar nuestra rica biodiversidad.
La Papa, un valioso miembro de la familia de las Solanaceas, es pariente cercano del tomate, pimiento, berenjena, ají y rocoto y es el tercer cultivo alimenticio más importante del mundo. El acceso a la secuencia del genoma de la papa ayudará a los científicos en el mejoramiento de la productividad, la calidad, valor nutricional y resistencia a las enfermedades y plagas de nuevas variedades. Más importante aún es que la secuencia del genoma de este tubérculo permitirá reducir los 10 o 12 años actualmente necesarios para obtener nuevas variedades,
El Consorcio Mundial de Secuenciamiento se inició en enero del 2006 a iniciativa del Departamento de Mejoramiento de la Universidad de Wageningen en Holanda, y actualmente es integrado por Argentina, Brasil, China, Chile, Estados Unidos, India, Irlanda, Nueva Zelanda, Perú, Polonia, Reino Unido y Rusia.
Gisella Orjeda, jefa de la unidad de Genómica de la UPCH representa al Perú ante el PGSC por encargo ministerial. Esta universidad ha trabajado los últimos 3 años en el proyecto y participado en todos los aspectos del mismo desde el inicio del consorcio internacional. La UPCH trabaja en estrecha colaboración con el INIA y la UNSCH secuenciando el ADN, haciendo el mapa genético, estudiando sectores de los cromosomas que son comunes entre la papa y el tomate y buscando genes contra enfermedades de la papa que son importantes para nuestro país.
El genoma de la papa tiene 12 cromosomas y se estima que posee 840 millones de pares de bases (lo que equivale a aproximadamente a ¼ del genoma humano). Al inicio del proyecto, el PGSC empleó una estrategia en la que el trabajo se dividió entre los grupos miembros, repartiéndose cromosomas (o parte de éstos) y se trabajó en una línea diploide llamada RH89-039-16 (RH) desarrollada a partir de la papa cultivada Solanum tuberosum. Sin embargo, el avance de las nuevas tecnologías de secuenciación (NGS) ocurridas en los últimos dos años, generaron un cambio de estrategia dentro del PGSC y en el 2008 se inició de manera complementaria el secuenciamiento de un genotipo generado especialmente que posee una versión simple del genoma (diploide homocigota) denominado DM1-3 516R44 (DM). En Junio del 2009, los miembros del PGSC se reunieron en Carlow, Irlanda para planificar las fases finales del proyecto.
Actualmente el PGSC está finalizando los datos de secuencia, tanto para RH como para DM, con el objetivo final de obtener una secuencia de alta calidad hacia fines del 2009 (un año antes de lo programado inicialmente). La combinación actual de datos de 3 plataformas de secuenciamiento diferentes (que incluyen 2 NGS) da como resultado una cantidad de información de secuencia que representa 70 veces la longitud del genoma (70X). El ensamblaje generado abarca el 95% de los genes de la papa y fue posible gracias a un programa informático recientemente desarrollado por el Instituto de Genómica de Pekín en China, un miembro del PGSC.
Cabe destacar que Perú conforma junto con Argentina, Brasil y Chile un subgrupo que tiene como objetivo adicional aprovechar este proyecto para el fortalecimiento de las capacidades en Genómica y Bioinformática en la Región. Cuenta para ello con el apoyo institucional del Ministerio de Agricultura (MINAG), El Ministerio de Relaciones Exteriores del Perú, el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONCYTEC), el Programa de Ciencia y Tecnología (FINCYT), la Agencia Peruana de Cooperación Internacional (APCI), el Fondo de Desarrollo Socioeconómico de Camisea (FOCAM), la Organización de Estados Americanos (OEA) a través de su fondo FEMCIDI y con fondos regionales provenientes del Programa Cooperativo para el Desarrollo Tecnológico Agropecuario del Cono Sur (PROCISUR) .
Este primer borrador del genoma ensamblado está disponible para el público y científicos en general a partir de hoy en http://www.potatogenome.net/index.php/Main_Page y se actualizará en los próximos 6 meses a medida que se generen datos adicionales, incluyendo la anotación de los genes, identificación del transcriptoma y análisis de genes críticos a la producción de papa.
. Primera fila, de izquierda a derecha: Germán de la Cruz (UNSCH), Tomás Miranda (UNSCH), Fabiola León-Velarde (Rectora UPCH), Dr. Ramiro Palomino (Vicerrector Académico de UNSCH), Gisella Orjeda (Jefa Unidad de Genómica UPCH), Olga Ponce (UPCH), Roberto Lozano (UPCH). Segunda fila, de izquierda a derecha: Frank Guzmán (UPCH), Michael Torres (UPCH), Diana Martínez (UPCH).

Un listado completo de los miembros se encuentra en la pagina web http://www.potatogenome.net/ .

NOTAS RELACIONADAS
http://www.elcomercio.com.pe/noticia/346002/descifran-casi-su-totalidad-codigo-genetico-papa
http://www.larepublica.pe/archive/all/larepublica/20090923/21/node/220099/todos/13
http://www.rpp.com.pe/2009-09-23-descifran-casi-en-su-totalidad-el-codigo-genetico-de-la-papa-noticia_210842.html
http://noticias.terra.es/espana/2009/0923/actualidad/descifran-casi-en-su-totalidad-el-codigo-genetico-de-la-papa.aspx
http://www.lanacion.com.ar/nota.asp?nota_id=1177859
http://www.diariopanorama.com/diario/noticias/2009/09/23/a-47730.html
http://www.google.com/hostednews/epa/article/ALeqM5jHq3cMMcuMv-zBh1R-tLGCwEfRvg?index=0
http://www.litoralfm.com.ar/despachos.asp?cod_des=44518&ID_Seccion=93
http://www.soitu.es/soitu/2009/09/23/info/1253732066_831521.html

13 compañías de biotecnología que se benefician del brote del virus AH1N1

http://www.pijamasurf.com

Estamos cerca del regreso del pánico del virus AH1N1 en su estacion invernal. Mientras tanto las compañías farmacéuticas (Big Pharma) se preparan para proveer a los gobierno del mundo de vacunas y antivirales a escala masiva. El mundo como una gran campaña de vacuna contra el demonio invisible del virus.
Les presentamos una lista de compañías que se podrían beneficiar económicamente o que se han beneficiado ya por el brote y la posible pandemia de la influenza AH1N1. Hay quee recordar la relación que tienen algunos políticos con estas compañías, como es el caso del ex director de Gilead y ex Secretario de Defensa de EU, Donald Rumsfeld.
*GILEAD SCIENCES INC- Recibe regalías por ventas de Tamiflu, vendida por Roche con licencia de Gilead. Según proyecciones de Barclay Capital, las ventas de Tamiflu combinadas de la pandemia y gripe estacional serán de 1000 millones dólares.
* BIOTA HOLDINGS LTD – La compañía australiana de biotecnología recibe regalías por las ventas del inhalante antiviral Ralenza, el cual es vendida por GlaxoSmithKline. Las regalías de Biota se duplicaron en junio a 37.5 millones de dólares. La compañía está desarrollando una nueva droga contra la gripe, laininamivir; una sola dosis es tan efectiva como 5 días con dosis dobles de Tamiflu.
* NOVAVAX INC- Está aplicando al FDA (Food and Drug Administration) para iniciar pruebas clínicas con su vacuna de virus H1N1. Una prueba con la partícula análoga al virus (VLP) demostró que protegía a los hurones del virus (los hurone stienen la inmunología más similar a los humanos). Esta vacuna es producida de huevos de cienpies, lo que la hace más veloz que las producidascon huevos de gallina.
* BIOCRYST PHARMACEUTICALS INC- Esta compañía, socia de la japonesa Shionogi & Co Ltd, está en la última etapa de desarrollo d eun antiviral llamado peramivir, el cual parece al menos ser tan efectivo como Tamiflu.
VICAL INC- Está desarrollando una vacuna genética que usa adjuntamente Vaxfectin. Pruebas en animales demuestran que eleva las respuestas del sistema inmunológico. Desarrolla también vacunas para la gripe aviar y el virus H1N1.
INOVIO BIOMEDICAL CORP- Está desarrollando una vacuna para la gripe H1N1 que protege a cerdos y a ratones. Junto con el Instituto Nacional de Salud está desarrollando una vacuna universal para la influenza, que atacara diversas mutaciones del virus.
* MEDICAGO INC- Esta compañía de biotec canadiense fabrica vacunas basadas en proteínas a través de la ingeniera genética de planats como el tabaco. Se espera que firme un acuerdo con una compañía de Medio Oriente para desarrollar una vacuna para la gripe porcina en la región.
* GENEREX BIOTECHNOLOGY CORP- Esta desarrollando una vacuna basada en péptidos, a diferencia de las vacunas basadas en huevos. Podría empezar a probar con humanos este último trimestre del 2009.
* CRUCELL NV – La compañía de biotecnología holandesa se encuentra desarrollando un fármaco para la gripe basada en anticuerpos. Su tecnología PER.CD usa huevso humanos en vez de huevos de gallina para producir un anticuerpo qu eprevien de varios tipos de gripe.
* CSL Ltd – Esta compañía asutraliana completó sus primeros 2 millones de vacunas en dosis de 15 micrograms y está produciendo hasta 1.5 millones de dosis a la semana, hasta que cumpla con la demanda, que incluye 21 millones de dosis en Australia y 180 millones dólares en dosis para Estados Unidos.
* GREEN CROSS – La única compañía coreana capaz de producir vacuna para el virus H1N1 ha firmado un contrato de 7.4 millones dólares con su gobierno, que asegura la producción de 1.1 millones de dosis para el final de noviembre.
* SINOVAC BIOTECH LTD – La compañía de biotec china fue la primera en completar pruebas clinicas con una vacuna de H1N1. Se dice que la vacuna, la cual funciona con una sola dosis, está lista para ser distribuida. Sinovac espera producir 30 millones de dosis.
*HUALAN BIOLOGICAL – Un panel de expertos de Shangai ha dado luz verde a la vacuna de esta compañía. Se espera sea aprobada este mes.

http://www.pijamasurf.com/2009/09/13-companias-de-biotecnologia-que-se-benefician-del-brote-del-virus-ah1n1/

Se esclarece mecanismos biológicos relacionados con el zinc

http://cordis.europa.eu

Investigadores financiados con fondos comunitarios han desarrollado un sensor que permite medir la concentración de zinc existente en las células, un avance que podría servir para comprender mejor ciertas enfermedades en las que influye este metal como la diabetes y el Alzheimer.

El estudio, realizado por científicos de los Países Bajos y el Reino Unido, se ha publicado en la versión electrónica de la revista Nature Methods. El apoyo de la UE a este trabajo provino del proyecto SAVEBETA («Vías moleculares que subyacen a una menor masa de las células beta en la diabetes mellitus»), financiado por el área temática «Ciencias de la vida, genómica y biotecnología aplicadas a la salud» del Sexto Programa Marco (6PM).

El zinc participa en muchos procesos del cuerpo humano, por ejemplo la transmisión de señales nerviosas. Cerca del 5% de las proteínas fabricadas por el organismo se dedican al transporte de zinc y se sospecha que éste influye en varias enfermedades, entre ellas la diabetes de tipo 2. Además, se sabe que el zinc es tóxico en grandes cantidades, aunque falta información sobre los procesos que emplea el organismo para regular la concentración de zinc en el interior de sus células.

«La biología del zinc se ha trabajado poco en comparación a la de otros metales como el calcio y el sodio, en parte porque hasta ahora no disponíamos de herramientas para medirlo con precisión», comentó el profesor Guy Rutter de la Sección de Medicina del Imperial College de Londres (Reino Unido). «El zinc es importante en numerosas partes del organismo, como los músculos y el cerebro, según afirman diversos estudios.»

Los sensores que se usan en la actualidad para medir la cantidad de zinc en las células no son suficientemente precisos. No son capaces de detectar las concentraciones de zinc menos intensas ni de determinar las diferencias en los niveles de zinc entre distintas partes de la célula.

En el estudio referido, los investigadores presentan un nuevo dispositivo denominado sensor FRET («transferencia de energía de resonancia fluorescente»). El sensor contiene dos proteínas de medusa: una cian y otra amarilla. El equipo construyó la proteína de tal manera que la luz absorbida por la proteína cian se transfiere a la proteína amarilla, que emite luz de este mismo color. Cuando un ion de zinc se adhiere al sensor, las proteínas fluorescentes se separan y la transmisión de luz entre ellas se debilita.

Los científicos utilizaron un microscopio de fluorescencia para anotar las longitudes de onda de la luz emitida por las proteínas, y así pudieron determinar en qué lugar de la célula era mayor la concentración de zinc. El equipo probó su nuevo dispositivo en células beta pancreáticas. La síntesis de insulina se realiza en ellas y, como se sabe, el zinc participa en su empaquetado. Las personas que sufren diabetes de tipo 2 suelen tener dañado el gen que controla el proceso de empaquetado.

La nueva herramienta mostró una concentración mucho mayor de zinc en los gránulos de las estructuras celulares en las que se encuentra la insulina.

«Fue una satisfacción observar que la concentración de zinc en la célula es estable en una cantidad de cerca de 400 picomoles por litro. Si el zinc está presente en concentraciones demasiado elevadas, es muy tóxico para la célula, pero al mismo tiempo es un ion metálico esencial para muchas enzimas y para muchos otros procesos celulares», explicó Maarten Merkx de la Universidad Tecnológica de Eindhoven (Países Bajos).

Los científicos planean seguir desarrollando su sensor con el fin de profundizar en la investigación del zinc en un modelo de ratón vivo, y así detectar los movimientos del metal en distintos tejidos.

«Ahora somos capaces de medir con gran precisión la concentración de zinc en las células y de detectar su situación en ellas, gracias a nuestro dispositivo de medición molecular», afirmó el profesor Rutter.

«Este tipo de información nos ayudará a ver qué sucede en el interior de distintos tejidos, por ejemplo en el cerebro cuando se produce la enfermedad de Alzheimer, en la que sospechamos también está implicado el zinc. Confiamos en que este nuevo sensor ayudará a la comunidad científica a saber más sobre las enfermedades relacionadas con el zinc y quizás a dar con nuevos tratamientos.»
Para más información, consulte:

Imperial College de Londres: http://www.imperial.ac.uk

Universidad Tecnológica de Eindhoven: http://www.tue.nl

Nature Methods http://www.nature.com/nchem/index.html

Proyecto SAVEBETA: http://www.savebeta.eu/
DOCUMENTOS RELACIONADOS: 27115, 30661

Fuente:http://cordis.europa.eu/fetch?CALLER=ES_NEWS&ACTION=D&SESSION=&RCN=31192